为九合一败选负责，马英九总统3日下午在国民党中常会正式请辞国民党主席，未来除非受邀请，不会再进国民党中央党部。此外，在江宜桦内阁总辞后，新阁揆已确定由副院长毛治国出任，多数阁员留任，以求稳定。 

近日代理主席问题纷纷扰扰，副主席郝龙斌、吴敦义先后请辞，已请辞秘书长的曾永权则拒代党主席。马英九虽然已经请辞主席，2日还是力挽狂澜，定调七个副主席“一个都不能少”，让郝、吴都打消辞意。

马英九3日最后一次以党主席身分主持中常会，他向中常会请辞主席一职，并为败选道歉，深深鞠躬约10秒。马英九说，“这次选举结束提醒我们，掌握权力，就必须谦卑倾听”。

他表示，在这场地方选举中，国民党遭遇到前所未有的挫败，身为党主席，“我要向所有的支持者道歉，我有负于创党的先烈先贤，我很惭愧，我让大家失望了”。马英九说，“我必须深刻的反躬自省，也责无旁贷必须为败选负起最大责任”。

马英九在谈话结束，随即离开国民党部，结束他长达五年的总统兼任党主席职务。党内高层表示，未来马英九除非受邀到党部参加会议，将不会再进入党部，对党务也会“百分之百放手”。

不过党内高层表示，目前设在总统府的“党政运作平台”五人小组，仍将维持运作。五人小组的成员包括总统、副总统、国民党主席（秘书长）、行政院长和立法院长，由于立法院长王金平仍有党籍案争议，目前由国民党政策会执行长出席。

由于第一副主席吴敦义已同意留任到新主席选出，因此将由吴敦义出任代理主席。另外，由于第二副主席曾永权已请辞秘书长，代理秘书长一职预料将由第三副主席洪秀柱暂代，直到新的主席人选产生。

马英九总统近日密集征询新阁揆人选，以党内同志为优先，不考虑跨党派人士，因此，部分党政人士建议，由副阁揆毛治国转任阁揆较适合，让内阁先求平稳，再针对2016总统大选逐步转成选举内阁。

毛治国于2008年在前行政院长刘兆玄邀请下，担任交通部长。2009年9月内阁改组，吴敦义接任阁揆，毛治国续掌交通部，至2013年2月17日止，任期长达近五年，为马英九政府中任职时间最久的部长。2013年2月18日起，出任行政院副院长至今。

马英九说，“我必须深刻的反躬自省，也责无旁贷必须为败选负起最大责任”。