6日下午14时30分，沉船救援前方指挥部召开第13次新闻发布会，称救援将进入善后工作阶段。截至6日12时，遇难人数已上升至396人，幸存14人，失踪46人。
　　官方通报称，善后工作将从两方面着手，首先是遗体保护，让遗体处理工作更加科学；其次是殡仪服务，由于遗体较多，殡仪服务压力较大，目前正在加强殡仪服务专业人力队伍。官方称，搜救工作已经接近尾声，对于家属到江边表达情感的愿望，都会采取积极有组织的有效措施，让家属的情感得到满足。此外，善后处理部门还将逐一看望家属，听取诉求愿望，积极开展关于家属的经济补偿研究。

　　6月6日14时，长江沉船救援前方指挥部召开第12次新闻发布会，向外界介绍了搜救的最新进展情况。解放军广州军区参谋长刘小午在发布会上表示，指挥部于6月5日晚21时正式下达搜救行动，经过7个多小时的努力，现已完成大规模搜救行动。刘小午称，在“东方之星”的乘客中，一名年仅3岁的小女孩已经确认遇难，搜救官兵在船舱4楼前舱的一等舱内发现其遗体。

　　官方消息称，前方救援部队官兵仍在继续破拆沉船顶层客舱。截止目前，已打捞上6具漂流遗体，最终搜寻遇难者遗体286具。据悉，救援人员将遗体转运上船前都会默哀，每名遇难者送上岸后都保证有6名人员负责。
　　6日15时许，倾覆沉没的“东方之星”船体在被扶正、提升出水及展开相关搜救工作后，开始进行减载作业。专家表示，“东方之星”翻沉后，船上的床垫、沙发、棉被等物品大量吸水，增加了船舶重量，致使船舶重心左偏。因此“东方之星”要松钩、自浮，需要减载。
　　据悉，在此次救援行动中，广州军区共计派出722人参加救援，武警部队也派出2,000余人参加搜救。开辟和抢通应急道路5.8公里，并向事发水域下游200公里范围内展开搜索。
　　6日下午，广州军区某舟桥旅官兵再次进入船舱，将“东方之星”沉船内的床架、桌椅等物品清出船外。清理过程中新发现几具遇难者遗体。目前还有部分顶层船舱因为结构严重变形尚未进入搜寻。救援人员在对“东方之星”客船顶层破裂的部位进行切割，以方便进入舱体内进行细致搜寻。 

　　发布会消息称，当前船舱内淤泥厚积、过道被堵，实际救援情况比预想的要复杂。目前，江面搜索范围已扩大至上海吴淞口，湖南沿长江新增8个搜救点，搜救仍是第一要务。
　　中国民政部有关负责人表示，前一阶段搜救工作紧张进行，在特定情况下的信息沟通不畅，导致与部分家属发生误解。目前善后工作小组制定了“家属告知书”，将他们在监利的“起、居、行、医”等各方面信息告知，下阶段还将加强与家属的信息沟通。该负责人还表示，将按照遇难者家乡的习俗，对每位遇难者的骨灰进行安置，这其中的所有费用均由政府承担。
　　官方报道称，目前湖北省殡仪馆已经接收遗体387具，对已接收的遗体，安排专人提取DNA样本，遗体将进行编号进入冷藏棺、冷冻柜，以利于遗体确认。报道还称，由于个别遇难者遗体在水中变形，标准冷藏棺和冷冻柜无法放入。为解决这一问题，当地政府将加大设备和技术投入，有效安全的保存遇难者遗体。
　　官媒通报称，“东方之星”客轮并没有安装自动报警装置。这种装置可以在轮船发生紧急情况时通过卫星自动报警，救援人员在几秒内就可以获得求救信息。而据目前得到的信息来看，事发当晚，从翻船到最早传出求救信息，中间至少有两个半小时的时间差。另外，“东方之星”客轮也没有安装“船用黑匣子”装置。目前中国只对海用船舶强制安装船用黑匣子，对于内河航运船舶并不要求强制安装这种设备。
　　此前早些时候，中国官方发布消息称，搜寻工作进行顺利，有关部门已经开始对船长和船员进行调查取证。此外，6日中午，解放军空降兵直升机已经开始沿江向沉船地点下游进行搜索，并在下游设置了三道拦阻线，对可能出现的漂浮物及遗体进行打捞。
　　来自长江沉船救援现场的消息显示，6月6日凌晨12时30分和早上8时许，救援官兵携带破拆工具进入沉船内部，破拆船体内变形房门，打通堵塞的通道，并对倒扣在江底第四层的船顶整体破拆，协助搜救。“东方之星”沉船舱内状况随之曝光。
　　目前，已有1,445名遇难者家属抵达监利，并集体入住酒店，等待处理善后事宜。
　　据中国中央气象台消息，沉船地监利7日为阴天，有大到暴雨，并伴有雷电。虽然现场搜救工作已经接近尾声，但雷电暴雨等恶劣天气势必将会对救援工作造成一定的不利影响。
　　2015年6月1日21时30分，东方之星轮在从南京驶往重庆途中突遇龙卷风，在长江中游湖北监利水域沉没。5月28日，东方之星轮从南京出发，中途还停靠了南京多个港口。据悉，事发水域距南京1,400多公里，经调查核实，事发时船上共有458人（其中旅客406人，船员47人，旅行社工作人员5人）。
　　6月7日是沉船遇难者的头七，中国民政部门表示，官方不会安排大规模的祭奠活动，这是对死者的尊重。
　　6月6日下午，中国国家新闻出版广电总局发出通报：2015年6月6日24时至6月8日24时止，所有上星电视播出机构不得播出综艺（含喜庆、欢乐、节奏）影像和录制、重播节目，以此为“东方之星”默哀。